印度河流域文明消失以后，恒河文化接着出现。它起始于印度河东的牧业区，在向恒河农业区转移中，出现了婆罗门教，这时印度河与恒河流域出现多国分立。公元前326年，亚历山大东征，他从波斯、中亚经喀布尔南下印度河，以其步兵打败了当地统治者的象兵。亚历山大离开后，恒河流域的摩揭托王国乘机西上，建立了跨恒河与印度河的孔雀王朝。
公元前2世纪孔雀王朝以后，印度河流域成为中亚各民族频繁蚕食之地，包括吐火罗民族和曾臣服于大月氏的贵霜部落建立的贵霜王朝，兴起于恒河中游并用骑兵控制恒河与印度河流域的笈多王朝，以及其后的戒日王朝等。这一阶段里，经喀布尔南下的中亚各族虽曾控制印度河，但很少建立政权，多同化于当地的印度文化中。
但后来随阿拉伯进来的伊斯兰文化却不一样。他们在7世纪到13世纪建立起了一个西自西班牙，东至中亚、印度河，政教合一的大帝国。从8世纪开始伊斯兰文化不断越过印度河进入印度北部，其结果是在印度河东到恒河上游之间形成一个以德里为中心的穆斯林统治区域。
1206年原廓尔王朝的德里总督建立以德里为都，统治印度的苏丹政权，又称德里苏丹，它控制印度河与恒河流域达300年。
由于阿拉伯帝国的核心区位于今叙利亚和伊拉克境内，而皈依伊斯兰教的中亚突厥贵族则纷纷割据独立。16世纪，居住于中亚的蒙古一突厥族后裔南下经印度河流域进入印度，取代德里苏丹，建立莫卧儿王朝(1526-1858)，其领地包括今印度、巴基斯坦和阿富汗的东部。
德里苏丹、莫卧儿这两个王朝，其统治者都是从北部入侵而来的外族人，他们带来的伊斯兰文化不但未被同化，反而使很多的当地人成为了穆斯林。
莫卧儿王朝在19世纪被英国的统治所取代，期间沙俄占领了中亚，这使得这一地区的外部政治环境发生了变化。而在这一地区的内部，外来的伊斯兰文化则变成本土的一种文化。它与印度的原印地文化分别成为现在的巴基斯坦和印度两地的主体文化，但这两个主体文化却难以相处。
英国人占领印度后，改变了原来外族由中亚经喀布尔南下的政治形势，出现由海上入侵印度、并经印度河北上的力量。沙俄在19世纪向中亚扩张，为阻止其南下获得印度洋的出海口，英国以印度河流域为基地三次出兵阿富汗。于是阿富汗成为英俄之间的缓冲国。
由于印度河流域的特殊区位，在历史上曾存在外来者与土著，宗教上曾传人过大乘佛教、印度教，最后是伊斯兰教，在政治上又长期为不断入侵的外来者所统治，并与印度组成一个实体。尽管存在这些复杂的历史，当最后外来的英国势力撤离后，在这块土地上仍形成了一个文化、宗教相对单一的国家——巴基斯坦，这也是一个十分有意思的事情。
