保生大帝姓吴，真名叫吴夲，是一位信奉道教的民间草药医生，死后受人怀念崇拜，被称为“健康保护神”。
保生大帝信仰大规模传入台湾，应在明郑时期。明永历十五年(1661年)郑成功率军渡海来台时，漳、泉一带军民纷纷到祖地白礁慈济宫、青礁慈济宫拜别保生大帝，并带上香火以求平安。有的还带上保生大帝神尊一路供奉。
之后，又因种种原因，不断有先民将保生大帝请进台湾。如清康熙三十八年（1699年），台湾爆发了一种奇怪的传染病，医生乏术解厄。许多由漳、泉来的移民便纷纷回到故乡，请来保生大帝的灵身到台供人祭奉。说也奇怪，这场流行性传染病在保生大帝灵身渡台后便告消失。
据有关人士考察后的结论，许多保生大帝的宫庙都有从闽南奉迎保生大帝经过的记载。如台北市大龙峒保安宫于明嘉靖年间所建，之后于清乾隆七年（1742年）有同安先民前往泉州府同安县白礁慈济宫乞灵分火来台。
台北县树林镇的济安富于清康熙末年（1722年）所建。当时为一姓赖的泉州人携带保生大帝香火来台，在此地供奉；一位姓张的富商祈祷后大病即愈，于是出资建庙。
云林县元长乡鳌峰宫中的保生大帝，为清中叶由泉州府南安县芙蓉乡迁移来台。当时先民为求海路平安，奉请祖庙保生大帝随行护佑。
台南县学甲镇清济宫中的保生大帝，为明永历十五年(1661年)郑成功率军来台后，移民从泉州府同安县白礁慈济宫迎来保生大帝、保生二大帝在此安奉，又于清光绪四年（1878年）建宫庙。
高雄县湖内乡长寿宫中的保生大帝，为清乾隆四十年（1775年）一姓林的善士从故乡白礁迎奉保生大帝尊像来台，在此地建庙以供信徒膜拜。
台南县归仁乡仁寿宫中的保生大帝，为当年随郑成功来台时，明朝定国公郑鸿逵部将吴鸠山为求渡海平安，从泉州同安白礁跪祈保生大帝金身一尊，随身奉祀，后奉于此。
近些年来，台湾各保生大帝宫庙信徒返回祖庙探亲已成风尚。如台南县学甲镇清济宫信徒于1988年5月4日抵达福建祖庙白礁慈济宫谒圣父圣母（保生大帝之父母），白礁、清济两宫举行合炉典礼，完成海峡两岸两宫合炉使命，为渡台328周年首次之圆炉，颇有历史意义。
台南县将军乡金兴宫每年在保生大帝圣诞的前一天，均要向祖国大陆白礁祖庙遥祭，近年则多次直接组团到同安白礁谒祖过炉，彰显出一种血浓于承的民族薪传信仰。高雄县湖内乡的长寿宫，1993年曾到祖国大陆同安白礁进香，受到热烈欢迎。
据台湾有关方面统计，目前台湾各地有保生大帝庙273座，其中台南县最多，有49座。
