元时，由于成吉思汗西征，把大批东来的回回军士编入“探马赤军”，参加忽必烈统一中国的战争。“上马则备战斗，下马则屯聚牧羊。”一边打仗，一边从事农业生产，即所谓“屯戍”人户。
忽必烈之所以这样做，一是由于连年战争，人民到处漂流，大批田园荒芜；二是为了维护军队和政府机构；三是人民要吃饭；四是避免社会动乱，让人们从事农业生产。至元十年，元世祖下令：“探马赤军随地入社，与编民等。”
从此，大批军士在社的编制下，以农民的身份进行农垦。这样，从事农业生产理所当然地成为回族经济的基础。
回族人进行农垦的地区比较广阔，根据元朝当时军队驻防的分布而形成。由于蒙古军队先征服西北，所以就先在西北开始农垦。加之西北地域辽阔，土地面积大，发展为回族的主要农垦区。如从六盘山至黄河的宁夏地区和甘肃河西的五条河（即指全城河、赐支河、屯河、大通河和庄浪河）、今天青海回族聚居的河湟流域、新疆的昌吉回族自治州阜康县和陕西等地。
《元史•世祖本记》对此都有记载，“忽撒马丁为管领甘肃、陕西等处屯田等户达鲁花赤、督斡端、可失合儿工匠干五十户屯田”，“至元二十七年……春正月，给媵竭儿（今新疆阜康县）回回屯田两千户牛种”。云南也是回回主要的垦区，赛典赤-赡思丁在此大搞屯田，使昆明、大理成为回族农垦的重点。
同时，还大搞水利建设，仅当时的昆明回民和当地汉民及其他民族人民一道就修挖了松花坝和金汁河、银汁河、马料河、宝象河、海源河、盘龙江六条大河，形成了六河灌溉系统，灌溉着万亩良田。
元世祖至元十八年，也曾下令征调散居在各郡的回回炮手到河南开封一带屯田，又以“河洛、山东居天下腹心，则以蒙古探马赤军到大府以屯之”。江南也有不少回族垦区。总之，元时回回屯田遍及全国，“天下屯田有二十余所”。这些垦区为发展回族农业经济奠定了坚实的基础。
在元朝，回族的政治地位较高，在政府任职的回民较多，他们得到了不少职田。“官达鲁花赤者，上路俸钞八十两，职田十六顷。下路七十两，田十四顷。散府六十两，田十二顷。上州五十两，田十顷。中州四十两，田八顷。上县二十两，田四顷。中县十八两，田四顷。下县十七两，田四顷。”
以此类推，大小官员都有一定数量的土地。还有些回回商人也买了一些土地，并且都有土地所有权，在各地形成了不少回回村寨，并构成了不同的村落经济类型，如粮农、菜农、果农、药材农以及各种复合交叉的类型。元代回民除了屯田以外，还兼搞牧业，喜欢养牛、羊、马、骆驼等。农牧业相互促进，有一定的发展。
