一般书院都订有明确的“学规”(或叫学则、教约)。学规的内容很广，有教学规则、学生守则、学习内容与目标、学习程序与方法等等；更重要的是指出学习方向与道德修养的途径。宋代最著名的学规是朱熹制订的白鹿洞学规，它成为后来学规的一个模式。一般的学规对道德品质都提出了严格的要求，如南宋吕祖谦所订“乾道五年规约”中提出：“不修士检，乡论不齿者，同志共摒之。”明代胡居仁掌教白鹿洞书院所订学规也有“克治力行，以尽成己之道”，“推己及物，以成广物之功”的条目。王守仁的龙场“教约”则分立志、勤学、改过、责善四项，其重心全在道德教育。可见道德教育从古以来就是颇受重视的。
重视学术研究与学术交流。书院的主持人一般都是博学多才的名儒大师，书院的名气大小往往也由主讲教师的学识才器、社会声誉所决定。所以学术研究风气盛行的地区，往往也是书院集中的地区。由于有学者名流主讲，故“请益之人，不远万里而至”(《宋元学案•臧同文》)。这样，就形成了学术研究与教学相结合的局面。学者以自己的学术成果教学，教学过程中又促进新的学术研究成果的产生。
书院不仅重视学术研究，还重视开展学术交流活动。书院有时互相请学有成就的大学者到书院共同讨论或讲解自己的学术主张，如南宋的陆九渊就曾经到朱熹所主持的白鹿洞书院讲学。明代书院学术活动的形式是讲会。讲会就是大家集会在一起，共同讲辩，类似现在的学术讨论会。王守仁学派的讲会活动较多，他去世之后，他的学生钱德洪、王畿继续从事讲会活动，“于是泾县有水西会，宁国有同善会，江阴有君山会，贵池有光岳会，太平有九龙会，广德有复初会”(黄宗羲《明儒学案》卷二十五《南中王门学案》)。可见当时学术研究风气之盛。
学院在教学上特别强调学习者的主观能动性，非常注重自学。王守仁曾说：“志不立，天下无可成之事”，要求学生立志，发奋读书。他还要求学生确立自己学术的专业方向，敢于创新。张载提倡学习要有怀疑精神，怀疑才可以促进思考。他说：
所以观书者，释己之疑，明己之未达，每见每知所益，则学进矣，于不疑处有疑，方是进矣。(《横渠理窟•大学篇》)提出大胆怀疑、勇于独创是做学问的一个重要条件。这不能不说是很有见地的经验之谈。与此同时，书院还强调学习要善于思考，学习要有韧性，要与自身的躬行践履相结合。也提倡师生之间共同提出问题，讨论问题，互相诘难。
书院的师生关系比较融洽，要比太学师生关系亲密得多。师长对有才能的弟子非常重视，用心传帮带，常命高才弟子代为主讲，采用以商才教后进的教学方法，使高才生在教学实践中尽快地成长起来。如陆九渊命其弟子代为主讲，朱熹也要他的弟子黄干代接讲席。
