九寨沟的水很有特点，40多个海子珠连玉串，长达10多里。小的半亩圆塘，大的千亩以上，或絮絮滔滔，或清风雅静：且都因深浅、季节、光照和沉积物的不同，而不断变换着色调，显现出不同的美景。
九寨沟的湖水以五彩缤纷、绚丽夺目而闻名。这一串串珍珠似的海子水色可分“湛蓝”和“光怪陆离”两大类型。属湛蓝色的湖泊有长海，犀牛海、镜海等，宛如一颗颗蓝宝石，晶莹透剔，光耀夺目。湖水呈湛蓝色主要有三个原因：
一是湖泊太深，人们无法见到湖底，因而与大海一样，湖底的颜色不影响湖面的颜色：再是因湖水清澈见底，水中杂质含量极低，污染几乎为零：其三是水分子散射的作用。人们都知道阳光可分解为赤、橙、黄、绿、青、蓝、紫7个不同波长的单色光。当阳光照射在湖面时，水分子对波长较长的红光吸收率，远远大于波长较短的蓝、紫光。这就意味着湖水反射的是蓝光，因而呈现大面积的蓝色，所以湖底越深，湖水就越蓝。
九寨沟湖水中属五彩缤纷的有五花海、五彩池等海子。湖水为啥呈五光十色呢？这是因为受湖岸茂盛的森林灌木丛以及高山地区特有的蓝天白云的渲染，所以湖面随着季节的光照变化，不断地变换着各种色调，从而湖上显示出不同的景色。另外，这些湖水浅见底，阳光透度大，有利于植物进行光合作用，所以这些湖底的水藻类、水生苔藓类等生物生长繁茂。如五花海，由于湖底含有各种色素的矿物质，有松枝、败叶、藻类等沉积物，就构成了它的多种色调，经阳光的照射，湖水似乎有了生命：绛红、赤褐、鹅黄、黛绿、翠碧，斑驳迷离，摇曳多姿，碧波荡漾出繁花似锦的诗情画意，使你眼花缭乱，美不胜收。
