据《史记-秦始皇本纪》载，始皇三十四年(前213)，秦始皇采纳丞相李斯的建议，下令把秦国以外的史书和民间收藏的《诗》、《书》及诸子百家之书，全部烧毁。次年，一部分为秦始皇觅求不死仙药的方士，因为旷日持久而没有效验，怕骗术被拆穿，就和一些儒生串通，私下诽谤秦始皇“刚戾自用”，“专任狱吏”，“乐以刑杀为威”，认为始皇既然“贪于权势至如此，未可为求仙药”，于是相继逃亡。秦始皇闻讯大怒，令御史迅速查办。方士与儒生遂转相牵连告发，结果查出犯禁者四百六十余人。秦始皇为“使天下知之，以惩后”，将这批人全部坑杀于咸阳，这就是历史上“焚书坑儒”的经过。
但有学者提出，秦始皇“焚书”有之，“坑儒”则无，所谓“坑儒”实是“坑方士”之讹。当时秦始皇主要针对方术之士大开杀戒，儒生被坑杀者虽有，但为数不多。从历史上看，儒家在秦朝的地位，比以往大有提高，秦始皇的“坑方士”行动，对秦代儒生的社会政治地位，并未造成大的影响。因此，当时以至汉初的儒家学者，对这一事件不甚介意，极少有言及者，直至西汉中期才为人们注意。称之为“坑杀术士”。
西汉始元六年《前81），始有桑弘羊提出秦始皇“坑儒”这一说法，这时距秦始皇去世已有一百多年了。此后，历代儒家学者为了弘扬孔孟仁义之说，都把“焚书坑儒”作为反面教材，进行抨击。即便如此，儒学家中仍不乏持保留态度者。如唐代韩愈、北宋司马光，对“坑儒”之说采取回避态度，而称“坑杀学士”，或谓“屠术士”。可见，秦始皇的“坑儒”并小是一桩“铁案”，也许秦始皇是白白地担当了中国学术史上的罪人，承受了二千年的唾骂。
与上述意见相反，有人认为秦始皇不仅“坑儒”，而且还坑了两次，这一说法也是有根据的。《汉书•儒林传》颜师古注引东汉卫宏《诏定古文尚书序》说：“秦既焚书，患苦天下不从所改更法，而诸生到者拜为郎，前后七百人，乃密令冬种瓜于骊山坑谷中温处，瓜实成，诏博士诸生说之，人人不同，乃命就视之。为伏机，诸生贤儒皆至焉，方相难不决，因发机，从上填之以土，皆压，终乃无声。”这一次坑儒，规模较第一次更大，手段也更为残忍毒辣，而且为掩天下人耳目，做得十分机密，使真相被隐瞒了二百五、六十年之久，直到汉光武帝时代，才被卫宏揭露出来。此说，留下了确切的文字资料，但人们不禁要问，第二次坑儒发生在哪一年？距秦王朝二百多年的卫宏，是从哪里掌握这一史料的？这一说究竟是古人道听途说，以讹传讹呢？还是咸阳那次“坑儒”的又一种传说？
