讨袁失败后，太炎先生不顾个人安危，独自来到京师。
一天，他身穿蓝布长衫，手拿鹅毛扇，把袁世凯送给他的勋章当作扇坠（表示他对袁世凯的轻蔑），信步来到薪华门总统府，声言要见袁世凯。总统府秘书长出来后，太炎先生连眼皮也不抬，这位秘书长只好灰溜溜地回去了。先生等了许久，见袁世凯还不出来，就站起来把招待室里的器物打了个一塌糊涂。不一会儿，有人出来说袁世凯要见先生，先生跟随他上了马车后，马车没有进新华门，而是飞速地向龙泉寺方向奔去。先生自知上当，但后悔已晚。这一件事引起舆论大哗，迫于舆论压力，袁贼对先生杀也不是，放也不是，只好将先生囚禁在龙泉寺中。期间先生曾绝食七天表示反抗。
马叙伦先生曾去看望太炎先生。当时天气很冷，马先生进去一看，太炎先生的屋里连一个火炉子也没有，忙问是怎么回事，太炎先生说是为了预防袁贼用煤气杀人。俩人促膝而谈，谈孔盂、谈老庄、谈佛学、谈理学，从早上一直谈到晚上八时，太炎先生越谈越有精神，兴致勃勃。显示了太炎先生对中国哲学的理解和修养程度。
太炎先生在狱中并没有停止战斗，他痛骂袁贼，并写文章进行斗争。
先生逝世后，有一位署名“九十七叟马相伯”的挽联说：
“代人民讲公道话，替党国讲正经话，卓哉君乎安可死。言文学似黄梨洲，论品行如顾宁人，髦矣我也得毋饬。”
这实是对太炎先生的中肯评价。
