崇祯十七年（1644年），随着北京失陷，明朝宗室和勋贵四下逃亡。于是南明政权－弘光政权建立了，而马士英也成了南明朝廷的重要人物了。
马士英最初并没有入阁，却有拥立之功，掌握着大权，且未入“逆案”， 虽与阮大铖私交甚密，名义上不是阉党。于是，刘孔昭对文官集团抗议：“即我不可，马瑶草有何不可？”
众臣无言以对，马士英得以跻身内阁，直至首辅，弘光政权一时形成以史可法为中心的东林势力和以马士英为首的奸党势力相抗衡的状态，无力地支撑着半壁江山。
自万历年间兴起的党争在摇摇欲坠的弘光朝廷再度上演，依附于马、阮的勋臣在其中起了推波助澜的作用。
此后，东林党人逐渐离朝，阮大铖与马士英一味祸乱朝纲，勋臣不断举荐奸党入朝以填补空缺，将弘光政权进一步推向崩溃的边缘。
然而，马士英并不是文学作品中的奸臣形象，马士英在弘光朝覆灭后，被大明唐、鲁两王势力拒之门外，马士英于是盘桓于浙江一带，期间多次参与抗清战役，直到在江浙一带最强大的抗清势力吴日生的部队兵败后，马士英亦遁入空门躲避清廷缉拿，后因叛徒出卖，被清廷抓获，最终不屈就义。
