邓攸除了缚儿于树为人诟病，另外一件事也被人指摘，那就是“误娶外甥女”。邓攸弃子后，妻子再没生育，逃到江南得到重用，后纳妾续嗣，甚是宠爱。没想到在询问小妾家乡亲人时，回忆父母名字，才发现是自己的外甥女，于是邓攸非常悔恨，从此不再纳妾，以至于邓攸再无子嗣。
此事在过去并无太多争议，然而近些年却屡屡被人指摘。其原因是邓攸违背人伦，近亲结婚，有亏德行。其实，用现代人的时代背景去评判古人，这有点吹毛求疵。因为如今大多数人都没有经历过战乱，再加上过去交通不便，信息闭塞。当时女子出嫁，都是外族，除非被休，基本上是不能回家的，对于外甥子女可能多年都未谋面也有可能;不比同族兄弟，居住在一起，可以经常见面，侄子女是认识的。这就是在《邓攸传》中，在逃难时，邓攸携带弟弟一家，而没有提及姐妹，这是时代原因。
永嘉之乱，人们纷纷南逃，亲属流离失所，相互很难遇上，而邓攸外甥女被当成小妾，自然是被买卖而来，年龄幼小(古代女子十几岁就出嫁)，面貌变化较大;况且当时女子只是某某氏，并无名字，因而邓攸不知是外甥女有情可原，这也是历史导致的悲剧误会。再一个，那就是古代近亲结婚非常普遍，宗法社会只要是不同姓就可以，姑表亲、姨表亲比比皆是，一直到近代还非常流行。现在人只是因为二人是近亲，不考虑历史背景，妄自指责，确实有失公允。
邓攸青史留名并非源自缚儿于树和纳甥为妾，而是因为其清廉为民，造福一方。《晋书》记载，邓攸与刁协、周顗(伯仁)素厚，因而前往东晋，得到晋元帝司马睿重任，先任太子中庶子，然后授以吴郡太守。当时东晋刚刚成立，需要稳定局面，赢得江南百姓拥戴，而邓攸就起到了很好的表率作用。
邓攸任职吴郡太守，自己带着米粮前去上任，除了饮用吴郡之水，连俸禄都不要。当时吴郡遭受饥荒，邓攸上表赈灾，未经批准，就立即开仓救民，因擅自开仓遭到弹劾，被晋元帝赦免。邓攸在任上，“刑政清明，百姓欢悦，为中兴良守。”后来邓攸因病去职，郡里有迎送钱百万，邓攸不受一钱!百姓听说邓攸要走，数千人拿绳牵住坐船，不让走，邓攸不得已，只好半夜才悄悄离去。
吴郡百姓前往御史台乞求能够让邓攸再留任一年，然而当政者不听。于是吴人做歌：“紞如打五鼓，鸡鸣天欲曙。邓侯挽不留，谢令推不去。”，百姓一直等到天明，希望能够将邓攸挽留，可是却无法办到，新来的谢太守不想要却推不走!能够得到百姓如此拥戴，古往今来有几人?!