儒家哲学思想深深影响了中医学。儒家哲学的“中庸之道”，把自然界看作一个有机整体，注重从整体上把握事物，认为事物内部之间存在着整体和谐的关系；反映在中医学领域里，是既注重人体本身的全局性，又注重人与自然的和谐性。
在分析病因、确定因病施治的治疗原则和健康保健等问题上，注重整体和谐，不偏不倚，强调调和施治，形成了独特的中医学理论和治病养生的基本原则。
中医阴阳学说讲求阴与阳之间的平和、协调，相生、相胜、相克，认为人的生命在于阴阳平衡。人体阴阳的动态平衡就意味着健康。《素问•调经论》说：“阴阳匀平，以充其形，九候若一，命曰平人。”
中医学称“阴阳均平”的人为“平人”，也就是中正平和之人、健康无病之人。强调健康人应具备机体自身的阴阳平衡和机体与环境（包括自然环境和社会环境）的阴阳平衡。《黄帝内经》认为，正是身体内部的阴阳对峙保证了机体的相对平衡，从而维持着生命的正常活动。这种机体的平衡状态一旦被打破，脏腑气血就会出现异常，就会引起病变，乃至死亡。《黄帝内经》关于人体阴阳平衡的观点反映了生命活动的实质。正是儒家哲学的中庸思维在中医学领域的成功运用。
中医治疗学的核心也是调和阴阳。《黄帝内经》提出，治疗疾病的最高境界就是“谨察阴阳所在而调之，以平为期”（《素问•至真要大论》）。“调阴与阳，精气乃光”（《灵枢•根结》）。医圣张仲景认为：“凡病若发汗，若吐，若下，若亡血，亡津液，阴阳自和者必自愈。”（《伤寒论》）调整人体阴与阳的不和谐，纠正阴阳偏盛偏衰的状态，使脏腑气血恢复平衡，是中医学临床实践的最终目标。
中医的各种治疗方法无处不体现出“致中和”的思想。在针刺方面，《素问•阴阳应象大论》说：“故善用针者，从阴引阳，从阳引阴。”就是利用阴阳的相互作用，通过调节阴阳，实现阴阳平和。在用药方面，清代医家徐大椿认为：“盖人者得天地之和气以生，其气血之性，肖乎天地，故以物之偏性投之，而亦无不应也。”
用药物之偏性纠正人体之偏胜，这就是调节阴阳以致中和思想的临床应用。“致中和”的思想在组方配伍方面，就是强调君、臣、佐、使诸药的配伍。在具体用药组方上，为防止某些药性太过伤正，《黄帝内经》主张应用反佐法以制约其太过，“平治于权衡”（《素问•汤液醪醴论》。这些无不体现了“致中和”的思维特征。
中医学在养生防病理论中也强调调和阴阳，提倡饮食有节，起居有常，清心寡欲，精神内守，使人与环境保持和谐的关系。《素问•生气通天论》不仅认为人体自身须“阴平阳秘，精神乃治”，而且主张只有“内外调和”，才能保证人体“邪不能害”，并提出“因而和之，是谓圣度”。因此，养生也以“中和”为最佳境界，最终达到人与环境调和有序的目的。正如《灵枢-本神》所言：“故智者之养生也，必顺四时而适寒暑，和喜怒而安居处，节阴阳而调刚柔。如是则避邪不至，长生久视。”
