新疆马主要有哈萨克马、蒙古马、焉耆马、巴里坤马等品种。古代的乌孙马即汉代西域的“天马”，后更名为“西极马”，即今哈萨克马的前身。汉武帝建元三年至元狩四年（前138-前119年），张骞两次出使西域，沟通了西域与内地的联系，并带回乌孙马。
哈萨克马生长繁衍于天山北麓水草丰茂辽阔的大草原上，历史上曾渗入蒙古马和中亚一带马的血液，广泛分布在北疆各地，中心产区在伊犁地区，总数约50万匹，占全疆马匹总数的50%左右。哈萨克马属乘挽兼用型，体质坚实粗壮，结构匀称，头中等大，稍重。颈长适中或略短，颈肌发育尚好。胸部发育良好，肋骨拱圆背腰平直。腹部大，臀宽而斜。心肢发育良好，关节结实，蹄质紧实。鬃毛浓密，毛色以骝、栗、黑色为主，属于草原生态型品种。
长期以来，哈萨克马是牧区的主要交通工具，也是农耕、运输和军用的重要役畜，有良好的役用能力和善跑、灵活、坚韧的良好气质。哈萨克马乳腺比较发达，泌乳能力强。一匹成年母马除供幼驹哺乳外，每日可挤乳44公斤，泌乳期一般120天，可产乳528公斤。配种年龄公、母马均为3岁，4月份开始配种，5—7月份为旺季。母马年产一胎，少数隔年一胎，妊娠期平均为346 .5天，终生可产驹10~15匹。
蒙古马是我国最占老的马品种之一，原产于蒙古草原。新疆的蒙古马是随着蒙古族西征带入的，距今已有六七百年的历史，主要分布于哈密、焉耆盆地及大尤尔都斯等地，总数约1 5万匹。蒙古马以骑乘型为主。头较粗重，鼻子孔大，下颌骨发达，耳厚毛粗，体质粗壮结实，骨骼与关节粗大，体格中等。颈较短厚，胸较宽深，背腰平直，后躯发育不够丰满，腹大，鬃毛发达且粗，四肢短粗，坚实有力。毛色以骝毛为主，其次为青毛、栗毛。蒙古马持久力强，长途骑乘赛冠军记录为120公里只用7小时32分；4匹马拉胶轮大车，载重2000公斤，日行50—60公里。蒙古马母马3岁开始配种，繁殖率一般为50%，繁殖年龄可至15~18岁。蒙古马对恶劣的气候和粗放饲养条件适应性较强。抗病力强，合群性好，视觉和嗅觉都很敏锐。
