顺治元年（公元1644年），清世祖迁都北京。为培养这个清军入关的第一个皇帝，庄妃以皇太后身份严格要求儿子，督促他虚心学习汉族文化，吸取汉族治国安邦之术。她还建议儿子，以赐婚方式团结汉族将领，为清朝廷效力。多尔衮受到孝庄太后的制约，竭力辅佐清世祖，制定各项法律制度，颁布施行，从而奠定了清朝统治的基础。多尔衮屡加封号，直至父皇摄政王，于顺治八年（公元1651年）病死。
顺治十八年（公元1661年），清世祖驾崩。死前，他接受孝庄太后的主张，遗诏由八岁的第三子玄烨继承皇位，并命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人为辅政大臣。玄烨即位，是为清圣祖。孝庄太后成为太皇太后，从各个方面全力支持孙子皇帝。其后六年间，鳌拜专权，甚至妄想篡夺皇位。孝庄太后与清圣祖经过密商，不动声色，大智若愚，暗中建立了一支少年武士队伍，并派亲信掌握了京师的卫戍权。一天，鳌拜应召入宫，清圣祖命少年武士突起狙击，一举将鳌拜擒获，接着以迅雷不及掩耳之势，将鳌拜集团的重要成员一网打尽。这样，十四岁的清圣祖得以亲政，开始了清朝历史上的一个新时期。
康熙十二年（公元1673年），“三藩之乱”爆发。两年后，蒙古察哈尔部布尔尼又兴兵作乱。清朝南北受敌，形势紧张。年轻的清圣祖听从孝庄太后的建议，派遣大学士图海以八旗家奴编队出征，趁敌不备，围杀了布尔尼，平息了叛乱。他自己则集中精力调兵遣将，坚决镇压了“三藩之乱”，有效地维护了国家的统一和安定。
孝庄太后念及从征的将士十分劳苦，屡拨内帑，犒赏军队。她告诫广大将士，务要爱护百姓，不得放纵掳掠。她特别勉励清圣祖说：“祖宗以骑射开创基业，武备万不可松弛。用人行政，务要敬承天命，凭公裁决。”为使清圣祖当个堂堂正正的天子，她还写信诫之说：“自古以来都说，皇帝难当。苍生黎民，天子以一身驾驭其上，生养抚育，都得操心。你一定要好好想着得众得国之道，做到国泰民安。你算得上是宽裕慈仁、温良恭敬的皇帝，但要注意威仪，谨慎决策，夙夜恪勤，以承祖宗遗绪。你能这样，我就放心了。”作为太皇太后，对孙子皇帝能经常提出这样的要求和忠告，实属难能可贵。
