明太祖当了皇帝，日益变得专横残暴、刚愎自用起来，动辄发怒，随意杀人。马皇后看到丈夫的变化，坚持正面劝谏，拯救了很多的无辜者。
参军郭景祥镇守和州（今安徽和县），有人传说他的儿子忤逆，犯有杀父未遂之罪。明太祖不问青红皂白，下令将郭子斩首示众。马皇后闻讯，说：“郭景祥只有一个儿子，人言或有不实。杀了郭子，郭家可就绝了后嗣啦！”她请求丈夫刀下留人，查明情况再说。明太祖派人调查，发现传说果然不实，从而避免了一起冤案。
将军李文忠守严州（今浙江建德），杨宪诬告他不法，阴谋叛变。明太祖闻言大怒，下令将李文忠召回，予以严惩。马皇后听到消息，说：“严州地处前线，不宜随意变动将帅。况且李文忠素贤，杨宪的话未必可信。”明太祖一想，皇后的话有理，马上撤销了命令。后来，李文忠在前线立了大功，证明他是忠诚清白的。
大学士宋濂，因为孙子宋慎犯罪受到牵连，被捕下狱，按律当斩。马皇后钦佩宋濂的才学，说：“老百姓家延请老师，尚且讲究礼义，何况陛下贵为皇帝？再说，宋濂一直在家中居住，孙子在京城犯罪，和他爷爷又有何相干？”明太祖没有听取马皇后的意见，坚持要杀宋濂。当晚，马皇后吃饭，既不饮酒，也不吃肉。明太祖感到奇怪，问其原因。马皇后郑重地说：“臣妾是为宋先生祈祷啊！”明太祖听了，丢下碗筷，来去徘徊，次日下令赦免宋濂，安置于茂州（今四川茂汶）。
明太祖建都应天府，修筑了坚固壮美的城垣。筑城的耗费相当惊人。吴兴富户沈万三为了讨好皇帝，请求出资助筑城垣的三分之一，还请出钱犒劳军士。明太祖大怒，说；“匹夫犒劳天子之军，乱民也，宜诛！”立即将沈万三逮捕下狱。马皇后不以为然，说：“国家法律，是要杀那些犯法者，杀守法之人则于国不祥。民富敌国，民自不祥。不祥于民，天将灾之，何劳陛下诛之？”马皇后的话言简意深。明太祖不得不服，只好将沈万三释放，充军云南，没收其全部家产。
明太祖脾气暴躁，一次曾怒责一个宫人。马皇后跟着假装发怒，命将宫人交付宫正司议罪。明太祖说：“这是为何？”马皇后说：“帝王不以喜怒加刑赏。当陛下发怒的时候，惩罚宫人唯恐偏重；交付宫正司处理，他们自会斟酌，公平执法。”
马皇后从不干权乱政，但有些政事还是干预了的。一天，她问明太祖说：“现在天下民安乎？”明太祖回答说：“这不是你所宜问的。”马皇后说；“陛下为天下之父，臣妾为天下之母，子民安乐与否，为何不能问呢？”这表现了她自觉干政的态度。一年大旱成灾，她率领宫人吃素祈祷，并做麦饭野羹，让众人体会穷苦百姓的生活。明太祖命令官府赈恤穷人。她说：“事后赈恤，不如预先蓄积。”还说：“皇帝自身的享受应当少一点，注意给贤才以比较优厚的待遇。”一次，明太祖巡视太学回宫，马皇后问那里有多少生徒。明太祖说：“约有数千人吧。”她感叹地说：“人才众矣！生徒有饭可吃，然而他们的妻子和儿女，谁供给粮食呢？”明太祖因此受到启发，决定设立红板仓，专门负责供粮给太学生的家属。
