奕訢在热河政变中与慈禧勾结，只是为了共同消灭肃顺派。他们的合作，并非真心诚意，而只是互相利用罢了。慈禧早就认识到奕沂是她专权道路上的一大障碍，但在垂帘之初，一则羽翼未丰，二则缺乏经验，所以还得依靠奕訢帮助收拾清文宗留下的破烂局面。
而奕訢完全低估了慈禧，总认为她是女人，成不了气候。同治朝，慈禧对奕訢恩威并施，让奕訢掌握军机处，兼领总理各国事务衙门，还认奕訢之女为义女，封奕訢之子为贝勒加郡王。奕訢大权在握，依仗资格和权势，日益变得骄纵和狂傲起来。
慈禧可不愿奕訢这只“风筝”飞得太高，赶忙紧扯风筝线，给他一点颜色瞧瞧。同治四年（公元1865年），奕訢听从岳父桂良的建议，接受门包礼钱，数目甚巨。慈禧抓住这一把柄，以“信任亲戚，内廷召对时有不检”为由，罢免了他的所有职务，后重新让其官复原职。通过罢免和复职，慈禧明白无误地警告奕沂：
她同他之间，不是什么平等的伙伴关系或嫂叔关系，而是名分森严的君臣关系，她完全掌握着他的命运。奕訢此时方才真正认识到，他的这个嫂嫂，绝不是普通的女人，其精明、狡猾、狠毒的程度，比自己原先的预想，起码要高出十倍二十倍。
从同治朝到光绪朝，奕訢对于慈禧小心翼翼，内心不满，表面不敢流露。慈禧对奕訢时刻防范，礼尚往来的背后隐藏着杀机。光绪十年（公元1884年）中法战争后，并未战败的清政府却和法国签订了《天津条约》。消息传出，舆论大哗，有人上书指责奕訢“辅弼无状，议和失策，以致胜犹受辱”。
其实，中法战争的主要决策者是慈禧，主要议和人是李鸿章，但慈禧却把责任推到奕訢身上，以“萎靡因循”的罪名，罢免了奕訢军机大臣的职务，令其“家居养疾”。从此，奕訢一蹶不振，再无力量与慈禧相抗衡了。
