1646年（顺治三年）清军进驻四川，1658年进驻贵州，次年春才进入云南省，消灭了南明的残余势力，完成西南三省的统治。这三省中濒临边界的只是云南省。所以清代西南疆即指云南东南、南、西南边疆。
云南边境自东向西沿边共置广南、开化、临安、普洱、顺宁、永昌、腾越、丽江八府（厅），在19世纪中叶以前各府境内的中国与越南、缅甸、老挝边界上土司归附时有反复，故边界细微变化很大，不能详述。
现概而言之。今富宁县南边的中越边界与今基本相同。开化府（治今文山）南界，清初仍袭明旧以大赌咒河为界，康熙年间，大赌咒河北岸的四十余村寨为黎氏王朝暗中所占，并谎称大赌咒河上源某一小支流为小赌咒河为界。1725年（雍正三年）勘界时不得不承认现实，1728年改订以小赌咒河为界，实际是将今麻栗坡县南部的南温河以西南和马关县境的小赌咒河（包括下游响水河）以东北的土地划归越南。临安府南界仍同明时以莱州和黑河为界，但越南方面不断想夺去这块土地。至咸丰、同治年间因滇乱，越人才乘机占去。
普洱府车里司（今西双版纳）南端与缅甸、南掌（今老挝）接界，中缅界同今，中老边界清时占有孟乌（今老挝孟乌怒）、乌得（盂乌再）地。顺庆府盂连司南部中缅边界与今基本相同，西部萨尔温江以东、南卡江以西南部阿南瓦山区，在乾隆以后脱离孟连司，自成独立部落。而今沧源县南境外一小块称“葫芦地”土地，则属耿马司管辖。永昌府南界以查里江（今萨尔温江）、南滚江为中缅边界，今界外至萨尔温江间麻栗坝地属中国。其西边界同今，惟潞西县南猛板尚属缅甸。
腾越厅与缅甸边界在清前期大致以恩梅开江和缅甸密支那、八奠和中国盈江、瑞丽间中间地带为界，南端中国有今境外铁壁、虎踞、汉龙、天马等关的土地。丽江府西境大致以高黎贡山为界，其西恩梅开江和迈立开江上游为怒族木王地，既不属清也不属缅甸，19世纪后期为英人所占。
广西和越南的边界基本因袭明朝，即十万大山以南、分茅岭间地仍属越南，其余同今。这条绵长的西南边界至19世纪中叶英法侵占缅甸、越南后开始发生变化。
