明初，女真族为三部，一是牡丹江、绥芬河及长白山一带的建州女真，二是松花江流域的海西女真，三是黑龙江和库页岛等地的东海女真。建州女真在努尔哈赤领导下迅速壮大，而大明在边境地区却一再退让。
1606年底，明朝在今鸭绿江、辽宁丹东以北的六堡尽弃，毫无防守。大臣宋一韩、熊廷弼等人急了，上书表示“弃地非策”，万历却不理。
1616年．努尔哈赤统一女真各部，在赫图阿拉城（今辽宁新宾）称帝，史称“后金”（后改名为“大清”）。第二年，努尔哈赤转而向大明挑战，一举攻占抚顺（今属辽宁）等城。至此，万历才开始有所重视，明与后金的战争正式开场了。
然而，户部却哭穷，说辽东战线需军费300万两，内帑已发100万，南京工、户部只能筹50万，太仆寺等80万，尚差70万，建议从发动监生捐款、裁减役工伙食等方面解决。万历只得同意。
然而，对后金的战争很不顺利。特别是1619年3月，明军在萨尔浒（今辽宁抚顺东大伙房水库附近）四路围剿后金，号称47万大军（实际9万多）。后金只有6万，但他们集中八旗优势兵力打歼灭战。仅五天时间，明军文武将吏死310多人，士兵身亡45800余人。当年6月，后金攻占开原（今属辽宁），7月攻占铁岭（今属辽宁）。
从此，努尔哈赤由战略防御转入战略进攻，明朝在东北地区的统治开始全面崩溃。
面对这一危机，同年7月，大学士方从哲率百官在文华门拜伏，请求增兵发饷，万历不理。9月，百官再次在文华门集体上访，请求皇上临朝“召见廷臣，而商战守方略”。直到天黑，万历才派宦官出来接见，说英明的皇上知道啦，你们先回家吃饭吧！过后，毫无动静。
第二年，万历死了，再也不用操心后金的事，24年后大明灭国也眼不见为净。有人说：“论者谓明之亡，不亡于崇祯而亡于万历。”对此，许多现代学者予以认同。
