1487年9月，朱见深病死，17岁的朱祐樘继位，开始大力整顿官治。
首先是太监梁芳、礼部侍郎李孜省等。朱祐樘上任第六天就处理这批恶人，将梁芳打入诏狱，李孜省等人贬出。
两个月后，朱祐樘对“传奉官”开刀。朱见深任由太监随意传旨任命官员，这些太监大多是江湖术士、和尚、道士、番僧、优令、工匠等等，什么人都有。现在，朱祐樘一举淘汰传奉官2000多人，又遣禅师、真人、国师等1400多人。
接下来，朱祐樘清理内阁中的大奸臣，第一个是万安。万安攀龙附凤，不知羞耻地自称万贵妃的侄子，高升内阁首辅。问题更在于他是个油滑的小人，心术不正，身居首辅高位长达十年，却无所建树，雅些的称之“万岁阁老”、“纸糊阁老”，难听的就直呼“洗屌相公”，名声狼藉。朱祐樘在当太子时就有耳闻，对万安十分反感。即位不久，他在宫中发现一本书，内容全是房中术，上面署着“臣安进”。朱祐樘让一名大臣故意带进大殿，让他当众责问：“这是大臣该写的吗？”于是，万安被罢。几年间，先后罢免各类官员千余人，史所罕见。
与此同时，起用一批贤臣。朱祐樘最信任的是王恕。王恕早在朱祁镇时期入仕，以敢说敢干出名。任扬州知府时，不等朝廷答复就给饥民发粮救济。他先后应诏陈述政事21次，提出建议39次，都是极力阻止权贵宠臣胡作非为。每当遇上不公平的事，肯定有人问：“王公怎么不说呢？”或者说：“王公的奏疏马上就要到了！”时有歌谣：“两京十二部，独有一王恕。”很自然，权贵宠臣讨厌他，朱见深也不满意，突然在一次批文中附加让他退休的决定。他回乡后，廷臣仍不断推荐他。朱祐樘即位后，召他任吏部尚书，不久加职太子太保。
马文升在朱祁钰时期入官，文武兼备，在山西、湖广有“神君”之称；在福建严惩当地贪腐狂徒冯某，离任时闽人传唱“马使留来天有眼，冯公布去地无皮”，对他表示称颂。他还是一名优秀的将军。西北满四反叛，响应者甚众，大败官兵。明廷调陕西边兵五万及京兵进剿，起用马文升为右副都御史。马文升亲自侦察，发现满四一个弱点：城中无水，粮储渐乏，便建议围而不攻，坐等他们粮尽自毙。果然如此。还有一次蒙古族叛乱，马文升督兵追至黑水口，生擒敌首。可是汪直据为己功，反而让马文升蒙受“表奏不实”之罪，停俸3月，后来还被贬官，直到汪直失宠后才恢复。朱祐樘即位后，提拔他任兵部尚书。马文升整顿久驰的兵备，罢免30多名不称职的将官，引起那些人怨恨，有人夜里持弓等在他家门口准备行刺，有的则写诽谤信射入宫内。朱祐樘坚定支持他，令锦衣卫缉捕那些报复者，并派12名骑士保护他。
