第四，生态系统功能退化，大大影响可持续发展。鄱阳湖生态环境的负荷日益加重，湿地常见的水生植物种类正在消失或退化，据资料数据显示，20世纪60年代有119种，20年之后只有101种，消失速度十分惊人，近些年由于人口、经济、环境的压力，要减缓这种速度难上加难。湖面水位下降，很多鱼类无法完成产卵繁殖，直接导致了鄱阳湖鱼量的减少。又有某些居民利用水位下降，采用“丝网捕鱼”等竭泽而渔的捕捞方式虽然大幅增加了捕捞数量渔获物个体却呈现小型化、低龄化现象，渔业资源衰退十分严重。当渔民已难以烹饪鲜美的鱼宴时，许多以小鱼为生的候鸟，也逐渐抛弃了鄱阳湖这块一直青眯的越冬宝地，有的地方甚至出现了“人鸟竞食”的场面，打破了原有的自然食物链。同时，水位降低增加了中低洲滩在烈日下的暴晒，这些干涸的湖面使马来眼子菜、苦草等沉水植物难以被候鸟挖食，影响到越冬候鸟的柄息保护，如若不引起高度重视，长此以往鄱阳湖对候鸟的吸引力将会逐渐下降，“飞时遮尽云和日，落时不见湖边草”的场景在若干年后将不复再现。
第五，政府部门管理职权存在交叉，制约统一整体推进。鄱阳湖生态保护是一项涉及全省、跨市县、跨部门的综合性系统工程，但是在实际开发过程中，由于各行业、各部门在湖区建设、资源开发、行政管理等方面目标和定位不同，往往容易导致各自为政，缺乏足够的沟通交流机制和“一盘棋”的思想。
鄱阳湖永远不是一个简单的水生态工程，她既是一个经济社会又好又快发展的重大问题，也是一个造福百姓、为千秋万代谋利刨利的可持续发展大业。现在，鄱阳湖生态经济区的战略规划已经让大家看到了希望，相关法律法规正在完善，管理机构和机制不断健全，防治相结合的科学手段努力创新，相信在不久的将来，鄱阳湖又能恢复原有的生机和恬力，向世人展示那天美、地美、水美、人美的诗化意境。
