为了更好地达到生理性起搏和心房，心室同步性的目的，除了慢性持续性心房颤动和心房静止患者选择心室单腔起搏器外，其他如病态窦房结综合征、房室传导阻滞、慢快综合征等患者，均建议植入双腔起搏器。
对于少数窦房结功能不良，但房室结功能良好的年轻患者，预计近期内不会发生房室传导阻滞的，可考虑植入心房单腔起搏器；但若随访过程中发生严重房室传导阻滞，则需升级为双腔起搏器。
现代起搏器具有多种仿生理性功能和自动化功能。最常见的仿生理性起搏功能有：窦房结优先功能、房室结优先功能、睡眠功能、频率应答功能等，其目的在于鼓励自身心率下传，同时使起搏心率与人体自身生物节律更为接近。自动化功能则包括自动模式转换、预防房颤管理、自动阈值和感知管理、远程监控等。选择起搏器时应当综合考虑患者的病情和经济情况，权衡利弊，以安全性和可靠性作为最基本的要求。一些高级的现代化功能则应根据患者日常活动状态、预期寿命、能否定期随访及优化等因素进行选择，并非总是“功能越多越好、越贵越好”。
通常在植入起搏器前医生会和患者及其家属一起根据病情商量，共同选择一款适合患者病情的起搏器。
一般而言，双腔起搏器的价格是单腔起搏器的2倍左右。起搏器就是一个电子装置，如同市场上各种民用电子设备一样，不同系列、不同功能、不同生产厂家的起搏器，价格会有所不同。而随着生理性起搏概念的推广，现代心脏起搏器具有诸多仿生理性起搏和自动化管理功能。此外起搏电极导线可分为被动电极和主动电极；脉冲发生器又分为普通脉冲发生器、长寿命脉冲发生器、核磁共振兼容系统及远程监测脉冲发生器等多种类型。另外，各家公司几乎每年都有新型起搏器上市，因此产生了不同品牌之间及品牌内多种系列、型号之间各种不同的价格。
当然，这些价格都不是医生或医院自己决定的，而是物价局等相关国家职能部门定价的，可以从政府相关机构的网站或公布的物价信息上获得相应型号起搏器的具体价格。
