明清时期中国封建君主专制集权发展到极端。明初对中央官制作了较大调整。首先改秦汉以来的宰相制为咨询顾问并办理日常公务的内阁制；监察方面改汉以来的御史台为都察院；军事上改大都督府为五军都督府。
明清时代，曾大力提高六部地位，直接向皇帝负责，建立庞大的宦官机构及其控制下的厂卫特务组织。其中尤以废宰相设内阁为政府体制调整的主要内容。内阁由翰林院学士组成，分首辅、次辅和群辅。其职责主要为代拟诏书，批答奏折。永乐以后，内阁学士渐参与政事，不仅咨询顾问，且掌实权。内阁远由明初的皇帝顾问秘书，变为全国行政中枢。
清代，由满洲贵族建立的清王朝，初由八旗旗主和议政王大臣会议共同议政。雍正年间，西北用兵频繁，为及时商议军务，设军需房，后改称“办理军机处”，简称军机处。始为临时机构，后不仅取代议政王大臣会议，且权力扩大，成为由皇帝直接控制下处理全国军政事务的中枢辅政部门。而六部职权缩小，已不是行政管理中枢，不能对下直接发布政令。
清代寺监权存大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺。五监仅存国子监，其余四监先后并归工部。
在地方上，明代地方行政基本上是省、府、县三级。省的长官为左、右布政使，府的长官为知府，县的长官为知县。后又稍有变化，省一级的最高长官为总督或巡抚。
清承明制，总督管辖一至三省，综理军民。巡抚主管一省军政刑狱，又称抚台。乾隆时期，又专设分守、分巡道，多兼兵各衔，管辖府、州，成为省以下府、州以上的行政长官，别称道台。府、县一组长官则同明朝。
