日本是跟中国交往最多的邻国之一，确实算一定意义上的师生关系，这时期却冲突越来越激烈。‘为什么呢？先说个细节：1862年，日本高杉晋作到上海，要买魏源《海国图志》等著名的救国救民之书却没有，而只有《佩文韵府》之类闲书，感慨不已，断言：“口头尽说圣贤语，终被夷蛮所驱使。”同行的下层武士峰洁目睹清军状态后，则声称：“若给我一万骑，率之可纵横南北，征服清国。”换言之，日本军人看透了清帝国知识分子与军人的真相。
正如雪珥写道：大清国的知识分子的确提出了一些救国的方案，但中国人的特点就是药方满天飞，神医遍地走，谁也不服谁，最搞笑的甚至认为中国之所以落后，是因为我们使用汉字，而非拼音文字。于是，很多知识分子就去研究拼音方案，搞出了几十种，却很少有人去研究如何改进兵器。
就此，日本断定大清亡国在即，与其让别人捡去，不如他们先下手。就像杜佑评论安禄山“事理不得不然”，面对如此中国而不出手，那只能说日本太傻了！
1871年订《中日修好条规》和《通商章程》，约定两国商民可在对方指定的通商口岸开展贸易（中国开放14个，日本开放8个），但不得进入内地；两国货物进人口岸，均照对方海关税则完税；两国在对方指定口岸可设领事，约束本国商民，民事案件归领事审理，刑事案件由领事和地方官会审。
同年，漂流到台湾的琉球船民被高山族人误杀。当时琉球是中国属地，可是第二年日本封琉球国王为藩王。随后，日本官员来华质问琉球船民一事。清廷官员严正声明台湾、琉球“俱我属土，属土之人相杀，裁决固在于我。我恤琉人，自有措置，何预贵国事而烦为过问”？但同时又说杀人的高山族是“化外”之民。“化外”指政令教化所达不到的地方，这时用来显然产生歧义。日本抓住这话，曲解为清廷承认台湾高山族地区不属于中国，于1874年设立“台湾番地事务局”，任命长官，并在那里设军事基地，图谋久踞。清廷派福建船政大臣沈葆桢率军到台，全面防御。在英国“调停”下，签订《台事专约三款》及凭单，约定日军退出台湾；清廷给“抚恤”银十万两；清廷承认日军此举为“保民义举”，给日本兼并琉球以口实。1887年11月，台湾建省，开始统一在清廷管辖之下。
1875年日本军舰入侵朝鲜领海，在江华岛（今韩国首尔西北）测量人海口，并登陆屠杀。第二年初，胁迫朝鲜签订《江华条约》，夺取一系列权力，破坏朝鲜主权。
1879年日本侵占琉球，废琉球国王，改为冲绳县。清廷反对，并请来华的美国总统格兰特出面调停。日本表示愿意谈判，但不愿第三者插手。第二年，日本代表来华，要求清廷承认日本吞并琉球。当时，清廷重在“防塞”即抗俄，琉球问题不了了之。等新疆问题解决，又冒出法国人染指越南。越南问题解决后，日本人又插手朝鲜，台湾也失手。从此，中国宗藩体系迅速瓦解，战略缓冲地带丧失殆尽。
