关于三公九卿制始创于什么时候这个话题，一般认为是始于夏朝。礼记记载，夏朝时即设三公九卿（《礼记》：“夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。”
不过，中学课本上说三公九卿制度是秦始皇创制。三公九卿的中央官制为秦王政接受李斯建议所制，以皇帝为尊，下有三公，分别为太尉，管理军事；丞相，协助皇帝处理全国政事；御史大夫执掌群臣奏章，下达皇帝诏令，并理国家监察事务。九卿对丞相负责，按其职能，行使权利。
那么，何谓九卿呢？
"卿"为官名。周曾以少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空为九卿，前三卿专辅天子，后六卿分管政务，按其次序，相当于后来的吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书。
战国时期，一般以中央政务机关之首长为卿。秦以奉常（主管礼仪祭祀）、郎中令（主管宫外警卫）、卫尉（主管宫内警卫）、太仆（主管车马）、廷尉（主管刑狱）、典客（主管内外客使）、宗正（主管皇族谱籍）、治粟内史（主管盐铁钱谷）、少府（主管皇帝财产）这些机关首长为九卿。
汉承秦制，只是将奉常改为太常、郎中令改为光禄勋、典客改为大鸿胪、治粟内史改为大司农。秦汉九卿，隶属宰相，在其指挥下负责执行政务，且参与朝议，职权较重。
魏晋南北朝大体沿汉制，梁时曾增设机关，置十二卿，虽然增太府、大匠、大舟三卿，但仍以旧九卿为骨干。
隋、唐、宋诸代，仍有九卿之称，其官署改为寺、监，增减裁并，变化颇多，因六部执行政务，九卿仅为中央办事机构的长官，且要受六部的指导。
明代九卿有大小之分，一般以六部尚书和都察院都御史（主管监察）、通政司使（主管奏章）、大理寺卿为大九卿；以太常、光禄、太仆、鸿胪、苑马（主管御马）、尚宝（主管印玺）六机关首长和詹事府詹事、翰林院学士、国子监祭酒为小九卿。
清代则不把六部列入大九卿，除都察院、大理寺、通政司之外，其余具体指某官并无明文规定。而小九卿则一般为宗人、太常、太仆、光禄、鸿胪五机关首长、詹事府詹事、国子监祭酒、左右春坊庶子、顺天府尹。
