之后，南宋大臣文天祥与张世杰、陆秀夫等在东南沿海继续顽抗，拥立益王赵昰为帝。赵昰死后，又拥立卫王赵昺，继续抗战。至元十五年（1278年），文天祥兵败被俘，被囚于大都三年之久，拒绝了元朝的招安，后从容就义。至元十六年（1279年），金国降将张弘范指挥元军在崖山消灭了南宋最后的抵抗势力，陆秀夫背着8岁的幼帝赵昺投海殉国，南宋灭亡。
远征海外
灭宋后，忽必烈对邻近诸国发动了一系列的侵略战争，如安南、占城、爪哇和日本等。至元十一年，侵日本遭遇飓风，无功而还。至元十八年，又分两路进攻日本，由唆都率蒙古、汉军、高丽军从高丽东渡对马海峡，范文虎率新附军（元政府收编的南宋军队）从庆元（浙江宁波）浮海北进。元军在日本鹰岛遇飓风，战船多坏，将卒溺死者众，又遭日军掩杀，几乎全军覆没。
至元十九年，遣唆都从广州渡海攻占城，连战逾年。至元二十一年至二十二年，镇南王脱欢（忽必烈子）发兵侵安南（越南北部），命唆都从占城北上助战，南北夹攻。安南王撤离都城，其主力走匿山林，避免与元军决战；待元军疲惫，又出而攻扰。五月，脱欢因暑雨不止、瘟疫流行，被迫退师。唆都战死。至元二十年、二十二年，元兵两次从云南出侵缅国（缅甸），至元二十四年，进至蒲甘，迫缅国定岁贡方物后退回。同年再侵安南，次年以粮尽师老北还。二十九年十二月，史弼、亦黑迷失、高兴从泉州起航出侵爪哇（印尼爪哇岛）。爪哇统治者降元，并请元军助讨其敌国葛郎，打败葛郎王以后复举兵拒元，元军力竭退师。
抗蒙斗争
从攻南宋以来，连年战争，加以宫廷廪禄、宗藩岁赐，都需要巨额经费来支持。忽必烈急于解决国用不足的问题，因而日益信用以“理财助国”邀宠的大臣阿合马、卢世荣、桑哥等人主持国政。至元七年至九年、二十四年至二十八年间，两次设尚书省综理财用。尚书省的理财政策主要包括：增加税收、兴铁冶、铸农器官卖、“括勘”（追还被私人、寺院夺占的南宋公田，起征田赋）、“理算”（追征各地历年积欠的钱粮）、变更钞法等，使国家的收入显著增加。但由于吏治腐败，专注搜刮，流于横征暴敛，成为阻碍社会经济发展的重要原因之一。同时，为了对外战争，打造东征海船，沿海和江南地区徭役征发日益加重。人民不堪沉重的封建剥削与压迫，纷纷起义。至元二十年，江南各族人民起义凡两百余起，至元二十六年更增至四百余起。在这前后，爆发了广州欧南喜、黎德和福建黄华、钟明亮等人领导的几次规模较大的起义。
中期朝政
至元三十一年（1294年）忽必烈驾崩。由于太子真金早死，帝位由各方争夺。最后，群臣在真金的长子晋王甘麻剌及三子铁穆尔之间选择，由于铁穆尔受元世祖下赐皇太子宝及镇守和林。故晋王甘麻剌退让，铁穆尔即位，即元成宗。停止对外战争，专力整顿国内军政。采取限制诸王势力、减免部分赋税、新编律令等措施，使社会矛盾暂时有所缓和。
