元文宗重祚以后，大兴文治。天历二年（1329年）二月，札牙笃汗设立了奎章阁学士院，掌进讲经史之书，考察历代治乱。又令所有勋贵大臣的子孙都要到奎章阁学习。奎章阁下设艺文监，专门负责将儒家典籍译成蒙古文字，以及校勘。同年下令编纂《元经世大典》，两年后修成，为元代一部重要的记述典章制度的巨著。但元文宗在位期间，丞相燕帖木儿自恃有功，玩弄朝廷，导致大元朝政更加腐败。
元文宗于至顺三年（1332年）去世后，为洗刷他毒死哥哥（元和西拉古图土）的罪行，遗诏立年仅七岁的和西拉古图土次子懿璘质班为帝，是为元宁宗。但元宁宗仅在位不到两个月即去世，不久后燕帖木儿也去世。元明宗的长子妥欢贴睦尔被札牙笃汗皇后卜答失里从静江（广西桂林）召回并立为帝，是为元惠宗，又称元宣仁普孝皇帝。
元惠宗在位之初，右丞相伯颜的势力很大，把持着朝政，甚至一度不把元惠宗放在眼里。随着时间的推移，元惠宗与伯颜的矛盾日益尖锐，后来在伯颜之侄脱脱的帮助下，元惠宗终于成功地废黜了伯颜，并控制了政局。
至正三年（1343年），元惠宗下令修撰《辽史》、《金史》、《宋史》三史，至1345年修成。
元末民变
元朝时期，蒙古统治者变本加厉向汉人收取各种名目繁杂的赋税，民族压迫十分严重，汉人被掠夺更为常见。将各民族分为不同等级，残酷剥削汉族群众，人民揭竿而起，在泰定二年（1325年）就发生了河南赵丑厮、郭菩萨领导的起义。
蒙古统治阶级内部却在为争权夺利而互相征战，因此加速了元朝的衰落。至正十年（1350年），元政府下令变更钞法，铸造“至正通宝”钱，并大量发行新“中统元宝交钞”，但导致物价迅速上涨。次年，元惠宗派贾鲁治黄河，欲归故道，动用民夫十五万，士兵二万。而官吏乘机敲诈勒索，造成不满。白莲教首领韩山童、刘福通等人决定在5月率教众发动起事，但事泄，韩山童被捕杀，于是刘福通带韩山童之子韩林儿杀出重围，指韩山童为宋徽宗八世孙，打出“复宋”旗号，以红巾为标志，其后郭子兴等人也纷纷加入。彭和尚亦在湖北扶助徐寿辉起义。至此揭开了大元灭亡的序幕。蒙古政府则派兵镇压各地红巾军，由丞相脱脱亲自督战攻徐州起义军芝麻李部，一度取得了很大的胜利。
至正十四年（1354年），脱脱率军围攻高邮起义军张士诚部，被朝中弹劾，功亏一篑。至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年），朱元璋继承了病逝的郭子兴的地位，并不断扩充自己的势力，攻占了江南的半壁江山。与此同时，在北方察罕帖木儿（李察罕）和李思齐等元军将领则开始对北方红巾军展开反攻。至正二十三年（1363年），北方红巾军在安丰之役中败给新兴并降蒙的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀。
