在古代，太医院是专为统治阶级服务的医政及医疗保健组织。它始设于金代，隶属于宣徽院。太医院的最高长官是太医院提点（正五品），下设使、副使、判官等，“掌诸医药，总判院事”。此外，太医院中还设管勾主管医学教育，另还设有各种名称的太医和医官。
元代太医院，秩正二品。开始时长官为宣差，后改为尚医监、太医院提点等。其行政隶属于宣徽院。最高长官之下设院使、副使、判官等名目。元代太医院掌管一切医药事务，官员品秩普遍高于任何朝代。
明代也设有太医院，其长官初始称为太医院令，后改称院使。明代在北京和南京各设一个太医院，但是北京设置的太医院是最高医药管理机关，设有最高医政长官院使，下设院判。而南京太医院只设院判不设院使，以便服从于北京太医院的领导。
清代只设一个太医院，院使正五品，总揽医药行政及医疗大权，清初，御药房也划归太医院管理，全国医官统一由太医院差派、考核、升降，从而加强了统一领导。但这种体制未能坚持下去，礼部管生药库，总管太监管御药房，削弱了太医院的功能。清朝中晚期，医政管理较为混乱。总之，从金至清，太医院作为全国性医政兼医疗的中枢机构延续了700多年。
