黄帝见蚩尤不是省油的灯，就命令应龙喷水。蚩尤也急忙令风伯雨师刮起狂风、下起暴雨。应龙快要抵不住了，黄帝急忙叫女魃迎战。女魃接到命令，迎上前去，施起神威，从身上放射出滚滚的热浪、火气。没有多久，狂风暴雨就消失得无影无踪，烈日当头，天气渐渐燥热起来。风伯雨师这下没辄了，慌忙败走。黄帝乘胜追击，蚩尤的士兵死的死，伤的伤，哭爹喊娘。很多人纷纷丢下武器，向黄帝投降求饶。黄帝对俘虏都很宽厚仁慈，把他们感动得痛哭流涕，誓死跟随黄帝。
蚩尤见势不妙，“三十六计走为上计”，先保命要紧。他能在空中飞腾，在悬崖峭壁上行走就跟在平地上一样。黄帝乘胜追击，一定要捉拿这个罪魁祸首。一直追到冀州中部，还是没有逮住他。
这时，黄帝叫人把夔牛鼓使劲连敲几下，因为他忽然想起了仙人广成子教他的法子。说来也怪，蚩尤顿时用不上劲，只吓得魂不附体，飞也飞不了，走也走不动，浑身瘫软，动弹不得。应龙轻松走上前去，像老鹰拎小鸡似的抓住蚩尤，给他戴上脚镣手铐。黄帝派人手起刀落，结果了蚩尤的性命。
杀蚩尤的时候，怕他挣脱跑掉，还不敢去掉他的手铐脚镣。直到蚩尤死透了，才解下鲜血淋漓的枷铐，扔在荒山野岭。后来，这枷铐变成了一片茂盛的枫树林，枷铐上的血迹就化作了鲜红如血的枫叶。黄帝怕他死后作怪，把蚩尤的头和身分别埋在相隔很远的两个地方。一处是蚩尤的七丈高的坟墓，每年十月，有一片红色云气从墓中冒出，直冲云霄，像一面绛红色的旗子，人们叫它“蚩尤旗”；另一处有一个大盐池，池里的卤水是殷红的，人们叫它“蚩尤血”。
在这场大战中，女魃和应龙虽然立了大功，但是他们用尽了神力，再也不能回到天上去了。女魃留在世上，逛到哪儿，哪儿就干旱，造成灾难。应龙则与女魃相反，他游到哪儿，哪儿就一定发生水灾。人们叫苦连天。
黄帝知道后，命令女魃住在赤水以北，应龙住在遥远的南极，不准他们到处乱跑。但他们有时太调皮捣蛋，忍不住约束，还是经常跑出来闲逛。这时，苦的又是老百姓，黄帝却只能睁一只眼睛闭一只眼睛，真是拿他们俩没有办法。
自从黄帝战胜了炎帝和蚩尤之后，他就被尊称为中华民族的始祖和保护神。如今，世界各地的许多华人还到陕西桥山的黄帝陵墓来寻根问祖呢。
