早在中国南北朝的“元嘉之治”时期，当时的太医令秦承祖获准了创办一所国家级公立专科学校——医署，教授学生医学知识，同时还在这所学校设立太医博士和太医助教等官职来协助学生学习。
到了公元6世纪的隋朝，这所“公立专科学校”正式更名为“太医署”，主要的职能也从学校变为太医们集中在一起办公的“办公室”了，也就如同现在的医学教育行政机构。隋朝的“太医署”直接隶属于太常寺，太常寺是当时掌管礼乐、郊庙、社稷等礼仪制度的办公场所。
我国的第一所公立国家级医学专科学校是在唐高祖时期建立的“太医署”。当时唐代的医学专科学校主要分为行政、教学、医疗、药工四大部分，与如今的医学院校的教育行政机构设置相类似。
唐代的“太医署”直接隶属于皇家，内设两名太医令作为“太医署”的“校长”；并且还设立两名太医丞作为“太医署”的“副校长”。在副校长下分别有“政教处主任”四人，“教育组长”八人。以上这十八人都是“太医署”的行政长官。
当时的“太医署”主要分为医学系和药学系。其中，医学系又分为四大专业：医科、针科、按摩科和咒禁科。在这四大专业中，医科是人数最多的，总人数有一百六十四人。其中任课老师两人，都是由“太医署”中的博士、助教担任。
新生入学后，“太医署”开四门基础课：《素问》《神农本草经》《脉经》《甲乙经》，然后再根据学生各自的专业，学习专业课。学生专业学习分为“一曰体疗，二曰疮肿，三曰少小，四曰耳目口齿，五曰角法”，并且每二十人当中分为“十一人学体疗，三人学疮肿，三人学少小，二人学耳目口齿，一人学角法”，当时“太医署”还规定每项的学习年限：“体疗者七年成，少小及疮肿五年，耳目口齿之疾并角法二年成。”其专业的设立和现代基本一致，体疗相当于内科，疮肿相当于外科，少小相当于儿科，耳目口齿相当于五官科，角法相当于一种外治方法。
在其它的三大专业中，针科共有师生五十二人，学生学习完医学的基础理论后，重点学习针灸专业；按摩科共有师生三十六人，主要以学习按摩技术为主；咒禁科共有师生二十一人，主要学习道禁和佛教中的五禁，这个专业的人数最少，影响也最小。
“太医署”中还规定，学生入学需要考试，而且每个月、季、年的考试都必须参加。对于在校九年，考试仍不及格者，“太医署”便勒令其退学，而对于考试成绩优良的学生，“太医署”还会给予奖励。在这样的奖惩制度下，保证了学生的质量，并且可以及时地发现人才。“太医署”不仅仅只对学生进行考核，而且还对自己的师资队伍进行全方位的考核，以保证其教育质量。
