大豆中含有8类抗营养因子，即蛋白酶抑制物、皂苷、植物血球凝集紊、植酸、胀气因子、致甲状腺因子、脂加氧酶、异黄酮等。近来研究发现，这8类抗营养因子多具有明显的抗癌功能。
蛋白酶抑制物的代表物质是大豆胰蛋白酶抑制物，它可防止导致癌变的特异基因的激活，也能保护组织免受辐射和自由基的损伤，因此具有抗癌效果。大豆及其制品几乎是异黄酮唯一的食物来源。大豆中异黄酮的代表物为三羟异黄酮，具有诱导细胞分化、抑制细胞分裂周期、抗氧化、抑制血管增生等作用，这些皆有抗癌功效。大豆中的皂苷具有细胞毒作用，可杀伤癌细胞，还能调节免疫功能，也具有抗癌功效。
大豆中的植物雌激素可以有效地抑制过多的睾丸酮产生，从而抑制前列腺癌。大豆中的植物雌激素也可以抑制乳腺细胞的雌激素受体，减少乳腺癌的发生率。
大豆含有2%-3%的磷脂，包括卵磷脂、磷脂酰肌醇、脑磷脂等。磷脂是构成生物膜的重要成分。磷脂经人体代谢后的产物胆碱，直接随血液进入大脑，形成乙酰胆碱，是神经传递的重要物质。磷脂能够促进脑细胞再生，改善记忆力，提高反应能力，是健脑的重要物质，所以被誉为“脑的食物”、“血管的清道夫”、“细胞保护神”、“长寿因子”等。大豆油脂中甾醇含量为0.15%－0.7%。甾醇是合成各种激素的基质，也是制造维生素d的原料。
大豆中含有低聚糖类。低聚糖类在人体肠道内有助于双歧杆菌、乳酸杆菌等有益细菌的生长，对健康很有裨益，因而被称为双歧因子。大豆中还含有多种食物纤维，如纤维素、半纤维素、果胶质、阿拉伯半乳聚糖等。食物纤维具有润滑肠道、延缓糖的吸收、阻碍中性脂肪和胆固醇吸收的作用，能防治高血压、冠心病、肥胖病、糖尿病等“富贵病”。
总之，大豆含有如此众多的生物活性物质，在诸多植物食物中是非常罕见的。
