中西方哲学在宇宙观上的有机论和机械论、价值观上重和合与尚分立的差异在深层思维方式上，则体现为直觉思维与逻辑思维两种不同的类型。
中国哲学以“天人合一”为精神旨向，不将世界视为独立于人之外的纯粹客体，不重视对客体一般本质的抽象，而是结合主体的理智、情感、意志等多种心理因素来对世界、生活和人生进行体验。这种体验中虽然包含着认知的因素，但更多的是一种非逻辑思维，无需遵循概念、判断、推理的一般程序和思维规律，而是直接洞察宇宙人生的本质。
在中国哲学中，儒、道、佛三家都注重这种直觉思维，从而使直觉思维成为中国哲学的主导思维方式。儒家学说的创始人孔子在论及人性和天道问题时，就特别重视启发学生的体悟。孟子则将直觉体悟发展成一般性的认知方式，认为依靠发现本心就能达到“尽心、知性、知天”。荀子也以“虚壹而静”说进一步探讨了体悟的方法。
对直觉思维的重视在儒家陆王心学中表现最为突出。陆九渊、王守仁都认为，“心即理”，“心外无理”，只要发明本心，便可以把握宇宙人生的大道。直觉思维更是道家一贯强调的方法。老子主张“涤除玄览”，要人们闭目塞听以保持内心的最大虚空与静寂，从而可以直观地把握宇宙万物的运行规律，这是典型的直觉体悟方式。庄子的“坐忘”也同是如此。
作为中国化佛学的典型形态，禅宗则认为，只要通过直觉获得顿悟，凡夫即刻成佛。“凡夫即佛，烦恼即菩提。前念迷，即凡夫；后念悟，即佛。”禅宗以顿悟说提倡直觉思维，使它与儒、道在思维方式上形成了统一。
西方哲学以天人相分为旨向，则促成主体运用概念、判断、推理的逻辑思维方法的发达，它要求人们从感性、个别的材料中抽取一般、本质的东西，从而由现象中抓住本质，获得真理性认识。
古希腊时代，在人们还不能脱离感性经验进行理性思维时，柏拉图便告诉人们：感官认识的世界未必可信，只有理论推导出的东西才最真实。其后，亚里士多德创立了形式逻辑的三段论，使人类的思维发生了质的变化，真正进入到抽象的理念空间。
近代哲学时期，虽然三段论的演绎逻辑受到培根的批评，但培根本人提出的经验归纳法仍然属于逻辑思维方法。随后，有笛卡儿的分析和综合的理性方法、莱布尼茨的数理逻辑和黑格尔的辩证逻辑的出现。可以说，逻辑思维是西方哲学发展中占主导地位的思维方式。
以直觉思维为主导，中国哲学呈现出重整体、尚模糊、偏于内向体悟的思维特色；以逻辑思维为主导，西方哲学则具有重分析、尚精确、长于外向推论的理论风格。直觉思维与逻辑思维作为人类认识世界的两种基本思维方式，相互有别，各有所长。中西方哲学在思维方式上只有相互借鉴，互补共存，才能更好地推进哲学关于世界的整体认识。
