南药王庙自始建之日起，每月初一、十五有庙会。从明末到清中叶，药王庙香火极盛。除夕至元旦，彻夜不断。每年四月二十八日为药王诞辰日。从四月中旬开始，进香拜神者众多，许多人难以挤进殿堂。因此，庙方在庙外神路街设香池数处，供人们焚香遥拜。
南药王庙每月朔望开庙，香火不绝，历经明清一直持续到民国年间。其主要原因有二：一、在长期缺医少药的社会环境中，民众希望求助神灵护佑，去病禳灾；二、庙内供奉的神灵众多，可供各界人士焚香祈祷，祈求相关神灵保佑，解决人间现实问题。
药王也是医药界供奉的行业祖师神。明代药行同仁多在南药王庙，同修祀礼，奉荐神明。清嘉庆二十二年(1817年)，京城药界同行集资重建药行会馆。这座药行会馆位于崇文区东兴隆街路北。会馆内建有三皇阁，供奉炎帝神农氏、药王孙思邈和唐代名医韦慈藏。每年药王诞辰日，同行会聚一堂，焚香祈祷，演戏谢神。
