最初，那拉氏入宫后，清文宗极度宠幸，荒于政务，甚至懒得上朝，多日不见朝臣。钮枯禄皇后劝谏皇帝，应以国事为重，不可沉湎声色。清文宗不理不睬，依然如故。咸丰六年（公元1856年），懿嫔为清文宗生了唯一的儿子载淳。清文宗非常高兴，晋封懿嫔为懿妃，次年又晋封为懿贵妃。这样，叶赫那拉氏在宫中的地位就仅次于皇后了。
懿贵妃得宠，对于朝廷政务很感兴趣。但清朝有“妇人不得干政”的祖制，她开始并不敢轻举妄动，只是在皇帝一筹莫展时，偶尔提示一下或献上一计。清文宗惊讶地发现，她的意见，大多管用可行，所以乐意和她共议朝政，将祖制忘了个干净。
清文宗为图清闲，有时索性把大臣们的奏折，也让她代阅代批。天长日久，懿贵妃对朝廷内外局势、规章制度和驾驭臣下之术等，熟记在心，了如指掌，权力欲望更加强烈。
咸丰十年（公元1860年）七月，英法联军攻陷大沽，入天津，攻通州，京师大震。昏庸的清文宗自知无力抵抗外敌入侵，八月携带百官，仓皇逃往热河行宫（今河北承德避暑山庄），诸后妃及皇子等同行，留下六弟恭亲王奕诉在北京“办理抚局”，全权主持与英法联军的谈判。
英法联军进入北京，焚烧圆明园，大清朝京师遭受一场浩劫。清文宗在热河行宫，照旧纵欲无度。奕诉与英法联军签订了丧权辱国的《北京条约》，英法联军退出北京。大臣们奉劝皇帝回銮。清文宗留恋行宫的淫乐生活，不予理会，整天陶醉在嬉游狩猎、美酒女色之中，内政外交分别交由御前大臣肃顺和奕沂等人办理，各种奏折全由懿贵妃代阅代批。懿贵妃利用这一机会，掌握了朝政的全部机密，为直接干预朝政积累了知识，打下了基础。
肃顺多次向清文宗密奏，以“有违祖制”为由，反对懿贵妃干政，提请皇帝提防她的专权野心。清文宗对此虽也有所觉察，但因为她是宠妃，而且是皇子之母，所以并不在意，一如既往。
咸丰十一年（公元1861年），三十一岁的清文宗因纵欲过度而病倒。七月十六日，病危的清文宗召见大臣，命立六岁的载淳为皇太子，并任命肃顺、载垣、端华、景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦裙瀛八人为顾命大臣，辅佐幼子，议定皇太子即位后的年号为“棋祥”。七月十七日，清文宗一命呜呼，结束了很不光彩的一生。
载淳即位，是为清穆宗同治皇帝，按例尊钮枯禄皇后、叶赫那拉懿贵妃并为皇太后，分别叫母后皇太后和圣母皇太后。九月，又上徽号，分别尊两位太后为慈安皇太后和慈禧皇太后。
十月初，奕诉升任议政王。清文宗灵柩入城。小皇帝载淳升殿受贺，那拉氏等发动祺祥政变。政变获得成功，慈安、慈禧太后为载淳举行了隆重的登基大典，改年号为同治，寓两太后同心求治之意。十一月，两太后实行垂帘听政。事事必须由慈禧定夺，她的权力达到了项峰。
