此外，也有人虽然没公然称帝，但事实上割据一方，也对刘秀形成威胁。如隗嚣，年轻时在州郡为官，以知书通经闻名，被王莽国师刘歆举为国士。刘歆叛王莽后，隗嚣回归故里，23年趁机占平襄（今甘肃通渭），后归顺刘玄，被封为御史大夫。隗嚣不愧是读书人，起兵时亲撰讨王莽檄文，写得非常精彩：一指控王莽步秦始皇后尘，颁三万六千年历法，自称他的王业将与历法一样久长，犯逆天大罪；二指控王莽分裂郡国、割断疆界，更天下田为王田，把名山大泽禁铟起来，夺走百姓以渔猎为生的本业，犯逆地大罪；三指控王莽发动战争令百姓死伤无数，暴戾刑法使横遭陷害的人、冻死饿死的人、疾病瘟疫夺走的人，以万万计，犯逆人大罪。所以上帝哀怜百姓，对王莽进行惩罚。这檄文煽动力很强。隗嚣势力发展也快，名震西州，闻于山东。
刘秀称帝后，隗嚣劝刘玄东归刘秀，刘玄不同意，隗嚣还想挟持他，没能得逞，逃回天水。隗嚣对刘秀是敬重的，不然不会想挟刘玄来投奔，又曾阻止刘秀的部下叛逃，被封为西州大将军。28年，隗嚣还派使者给刘秀送信，称赞他有帝王之相。然而，刘秀命隗嚣讨蜀，他却以兵力单弱、蜀道难行为借口拒绝。刘秀多次派隗嚣的老朋友去劝他入朝，并许以重爵。他都谦称自己无功，待四方平定后即回老家，一再谢辞。但为取信刘秀，他将自己的儿子隗恂送到长安做人质。
后来，刘秀下诏让隗嚣从天水讨伐蜀地，隗嚣不仅未出兵，还暗中称臣于公孙述，相互派兵援助。32年春，刘秀给隗嚣发最后通牒，隗嚣还不肯依从，刘秀便杀了人质，派兵大举进攻。第二年初，隗嚣病死，立少子隗纯为王。同年8月，刘秀攻破洛门，直逼陇上，隗纯及部将全部投降。
刘秀称帝之后，仍然有些人想争。如26年铜马军、青犊军和尤来军共立孙登为天子，次年李宪在淮南称帝等等。刘秀统一天下的大业，直至36年也即称帝后第12年方告完成，内战结束，政权稳定下来。
