由此差异，可以明显地看到，军机大臣是无法起到汉唐宰相在政府机构中所起到的作用的。既然军机大臣完全受君主控制，那么，影片《垂帘听政》中慈禧为何要对肃顺等让步呢?因为那是一个非常时期，肃顺等皆先帝顾命大臣，地位尊隆，皇帝年幼，不能亲理政事，清制又规定后宫不得干政。因而在内外一片反对声浪中，慈禧审时度势，不得不稍作让步，以从长计议也。
在军机大臣的下面，还有军机章京，分成满汉两班，每班八人，协助军机大臣办事，轮流担任缮写诏旨、保管档案、查核奏议等具体工作，俗称之为“小军机”。他们往往由皇帝从政府各机关抽调或考试录用。军机章京因能预闻机密，故颇为有权。
后来的光绪皇帝维新变法，为切实推行各项新法，就将主张变法最力的谭嗣同、林旭等四人调入军机处，充当章京。尽管他们职位卑下，然而由于是在中枢工作，所以能发挥较大的作用。顽固派对四人恨之入骨，待变法一失败，就将四人押至柴市口杀害了。谭嗣同临刑前，意气自若，挥笔写下了“我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑”的豪迈诗句，实践了他为变法流血、为复兴牺牲的誓言。
军机处对强化专制皇权作用显著，清室诸帝都力护此制。而唯一例外者为同治初年议政王大臣的复置。当时，慈禧急欲专权，为了把反对她垂帘听政的肃顺等人撸下台，她急需外助，于是就和在咸丰朝一直受排挤的咸丰帝的弟弟恭亲王奕诉勾结起来，发动政变，杀掉肃顺等人。慈禧得遂所愿，成了皇上的皇上、大权在握的“皇阿玛”。为酬谢奕诉，便召他入军机处，并封以议政王的头衔，主持政务。
然而，奕诉为人狡诈，老于世故，他看出慈禧是那种卧榻之旁不容他人酣睡的权力狂，就主动地摘去自己头上那顶虽中看，然而极易招忌的桂冠。军机处制度又复归常轨。这次意外封衔，是清廷政治中的意外变故——后宫干政造成的，与设立军机处的根本精神是相背的。
