而此时宰相张士逊趁机排除异己，结党营私。庞籍又上书曰：“陛下躬亲万机，用人宜辨邪正、防朋党，擢进近列，愿采公论，毋令出于执政。”因此，御史中丞孔道辅认为当时“言事官多观望宰相意，独庞醇之，天子御史也”。这也是后来仁宗对庞籍亲信有加的原因之一。
仁宗亲政之后，庞籍任开封府判官，这时候仁宗的后宫却搞出一档子事儿。话说当时仁宗宠信杨美人和尚美人一对，就是和皇后掐架，导致皇后被废并且自己也被贬谪出宫那两位。这两位美人在得到帝王的宠幸之后，便开始忘乎所以，干涉朝政为所欲为。朝廷大臣多半敢怒不敢言。有一天尚美人遣内侍到开封府“教旨免工入市租”。然而庞籍认为此非后宫可插手之事，便说道：“祖宗以来，未有美人称教旨下府者，当杖内侍。”而仁宗也下诏“自今宫中传命，毋得辄受”，此后后宫干政之声顿消。
但是这事儿并没有完，庞籍数次弹劾三司使范讽以权谋私。而范讽所攀附的吴守则，其女正是尚美人弟弟的妻子，当时的宰相李迪也与范讽有交往。面对庞籍的弹劾，李迪当然庇护范讽：“数劾范讽罪，讽善李迪，皆寝不报，反坐言宫禁事不得实，以祠部员外郎罢为广南东路转运使。”而庞籍又上书弹劾，仁宗认为“范讽事有不尽如奏”，庞籍被贬为“太常博士、知临江军”。
没过多久，仁宗似乎察觉到了自己的错误，于是庞籍“降寻复官，徙福建转运使”。而后“景祐三年，为侍御史，改刑部员外郎、知杂事，判大理寺，进天章阁待制”。刚正不阿不畏权贵的庞籍的官运，自此亨通起来。
景祐五年十月十一日，元昊称帝。宝元元年十二月“己卯，奉宁军节度使，知永兴军夏竦兼泾原、秦凤路安抚使，振武军节度使，知延州范雍兼郧延、环庆路安抚使”。也是在这年，庞籍被任命为陕西体量安抚使。在陕西府，他令宋军只防守不攻取，从而获得宝贵的修筑城池、历练军民的时间。
然而这时，开封府有个官吏冯士元买卖人口东窗事发，这事儿正好就发生在庞籍的所辖地陕西，因此庞籍连坐“降知汝州。徒同州，就除陕西都转运使”。所谓福无双至，祸不单行，没多久就掺和进“黄德和案”。
也就是宋夏延州之战中的刘平遭到冤狱一事。庞籍认为：“德和退怯当诛。刘平力战而没，宜加恤其子孙。”又建议“频岁灾异，天久不雨。宫中费用奢靡，出纳不严，须索烦多，有司无从钩校虚实。臣窃谓凡乘舆所费，宫中所用，宜务加裁抑，取则先帝，修德弭灾之道也。今宿兵西鄙，将士力战，弗获功赏；而内官、医官、乐官，无功劳，享丰赐，天下指目，谓之‘三官’。愿少裁损，无厚赉予，专励战功，寇不足乎也”。
