明清京城的道教文化有相当的发展。明英宗下令编纂正统道藏，共480函5305卷，赐藏于白云观等道观。明神宗时，又续编道藏32函180卷。正藏和续藏的合版，为今日的道藏。有明一代，京城陆续修建许多道教寺庙。
火神庙，位于崇文门外西花市大街，原名火德真君庙，始建于明隆庆二年(1568年)，清乾隆年间重修。该庙农历每月逢四有庙会。庙会集市日用百货、风味小吃、金鱼虫鸟，一应俱全。庙会的花市享誉京城。工艺花、鲜花，姹紫嫣红，满眼芬芳。民国年间，宗教祭祀香火断绝，庙会演变为纯粹的集市，人们便称此地为花市。
药王庙，明代京城修建的药王庙为数众多。其中最著名的药王庙位于崇文门外东晓市大街，因其位于城南，故京城百姓称之为南药王庙。该庙建于明末天启年间，清康熙年间重修，殿堂宏伟。药王殿供奉伏羲、神农、黄帝、孙思邈、韦慈藏，两侧分别供奉扁鹊、张仲景、华陀等古代十大名医。
该庙自始建起，每逢农历初一、十五有庙会。明末清初，药王庙香火极盛，除夕至元旦彻夜不断。每年四月二十八相传为药王诞辰。从四月中旬起，进香拜神者拥挤不动，多有挤不进庙者。为方便进香民众，该庙在庙外神路街设立香池数处，供人焚香遥拜。清中期以后，庙会祭祀香火逐渐冷落，但赶庙会的市民却越来越多。庙内，各种风味小吃，飘香诱人，庙外，商贩云集，风筝、玩具、干鲜果品等应有尽有。每逢朔望之日，以药王庙为中心，形成商贸交易市场。由此东晓市街逐渐发展繁荣起来。
南药王庙内设有供奉戏曲界行业神的殿堂。庙内三清殿正西，与之并立的有一座二层楼。楼下为关公殿，楼上为唐明皇殿。每逢四月二十八日，京城戏曲界艺人来此焚香祭祀祖师爷。该庙真武殿后有一座戏楼。城南一带的士商、梨园、行会等祭祖时，常在此戏台举办堂会演出。
明代，北京城郊到处修建碧霞元君庙。京城百姓俗称碧霞元君庙为“顶”。其中最著名的位于左安门外弘仁桥，时人称为“大南顶”。该顶建于明成化年间（1465 - 1488年），清乾隆三十八年(1773年)奉敕重修。据（道藏）本《搜神记〉记载，四月十八日为碧霞元君诞辰。届时，朝顶庙会风靡京郊。“男女奔趋，香会络绎，素称最胜”。每年四月“一日至十八日，尘风汗气，四十里一道相属。舆者、骑者、步者、步以拜者、张旗幢鸣鼓金者，……群从游闲，数唱吹弹以乐之”。会期，桥畔形成集市。商贾云集，百货杂陈，熙来攘往。庙中祭祀，香烟缭绕，磬声盈耳。
清代，京城近郊香火最盛的碧霞元君庙为“西顶”。该顶原名护国洪慈宫，位于西直门外蓝靛厂，始建于明万历年间（1570 1620年），清康熙四十七年（1708年）奉敕重修，又名“广仁宫”。每年农历四月初一至十八，举办庙会。清廷特派大臣前往拈香，为京畿五顶仅有。清人樊彬（燕都杂咏）云：“年年男女抱土袋随香纸往祀，名进土。”
