明王朝的开国之君是朱元璋。在元朝末年，政治腐败、官吏对百姓压迫、民族歧视，再加上自然灾害频繁，黄河多次在人口最密集的江淮地区决口，引起广大地区的人民起来反对元统治者。江淮地区于是出现各路起义的农民军。
朱元璋是其中一支农民军的领袖，由淮河两岸进军到江南并以应天（今南京）为基地。各种农民军既与反动统治的元军进行战斗，同时，又为各自的利益而争斗。朱元璋在1364年和1367年消灭了其西面的敌手陈友谅和东面的敌手张士诚，统一了南方以后，遂派大军北上，于1368年攻陷元的都城，元的最后一个皇帝逃回其上都城。
1368年正月，在其军队北上进攻大都胜利在望之时，朱元璋于应天正式登上皇帝宝座，国号大明，建元洪武，以应天为都。
应天在长江以南，这是第一次一个全国性的王朝以江南的应天作为其首都。其原因是朱元璋起兵于淮河中游，在其与群雄争立时就以应天为基地。这里不仅地理区位优越，附近的财富与人力雄厚，而且朱曾经从此派兵北上，逐走蒙古族的元朝。而北方经过战火，经济衰落，难以支持首都的军需民用。所以已在南方打下基础的朱元璋不可能离开其基地，北上以燕京为都城。
元的势力离开了燕京的大都，但是其基本力量仍然存在，而且仍盘踞在其上都，离长城一线不远，随时都有大举南侵的可能。加上在明朝以前统一的王朝首都都在北方，只有偏安的南方政权才以应天为都。另外，朱元璋在1368年派徐达领兵北上之际曾到汴梁（今开封），当时他看到北上大都的军队、西进陕甘的武装，都需要在汴粱组织军需供应。所以，为了加强明王朝对北方的影响，他遂将汴梁定为北京，应天定为南京。1369年，朱元璋又以位于汴梁与应天之间的家乡——风阳为中都。
在徐达领兵北上，把元朝赶出大都后，朱元璋改大都为北平。为了彻底击溃元在上都的势力，保障北方的安全，朱元璋多次派兵出长城远征。但是，朱元璋对于大军远征总是感到鞭长莫及，此时，他一方面将几个儿子分封北边，各统劲兵，以为藩屏，让儿子为父守边；另一方面派太子朱标出巡西北，作迁都的探索。
可是，太子返回后不久就病逝，朱元璋也就打消了迁都之念。这样，为防止蒙古力量再起，不得不在北平派驻大量军队，遂形成军事中心在北方，而政治中心却在南方的应天，两个中心相互分离的局面。
