宋明时期，儒学吸收佛道思想，从理论上进一步得到完善，器成一种新的理论形态——理学。宋明理学是高度哲学化和政治伦理化的儒学，是儒学发展的最高理论形态，是儒学发展史上的鼎盛期。
北宋时期的周敦颐被后世称为理学的开山之祖，他融会《易传》、《中庸》及佛、道思想，以“太极图”为构架，论述了以“性与天道”为核心的一系列理学的重要范畴。张载和二程(程额、程项)则是理学的奠基者。他们都十分关注本体论的探讨，所不同的是，张载以“气”为哲学本体，二程以“理”为本体。
在本体论和伦理学的关系问题上，张载和二程都主张“性即理”，或天与人的合一。他们所提出的“天地之性”和“气质之性”、“德性之知”与”见闻之知”、“理一分殊”、“心统性情”等命题，成为宋明理学的基本命题。
南宋时期，理学发展达到高蜂，理论深刻精密，理学家人才辈出，其中最具代表性的是朱熹和陆九渊。朱熹是理学的集大成者，他在二程“理本论”的基础上，吸收了张载的“气体论”，建立了以理为本体，以理统气的庞大的哲学逻辑体系，后世称之为“程朱理学”。
与朱熹同时代的陆九渊则把儒家思孟学说和佛教掸宗思想结合起来，并继承了程额“天即理，即心”的观点，提出“心即理”的命题，对朱熹理学提出了挑战。
朱熹认为理超越物质世界存在于天之上，陆九渊认为理是根于人心所固有的，“心”是本体而高于“理”，因此陆学又称为“心学”。南宋以后，直到明代前期，程朱理学占据统治地位，心学的影响不如理学。
明代，程朱理学盛极而衰，开始走下坡路，代之以王阳明心学的掘起和传播。王阳明继承、发展了陆九渊的学说，成了心学的集大成者，因之有“陆王心学”之称。王阳明主张“心即理’、“心外无理”，把心与理二者统一起来，并把“心”提到万物主宰的地位，他的心学思想体系除了“心即理”外，还主要包括“知行合一”说和“致良知”说。
阳明心学是明代中后期思想界的显学，是整个宋明理学发展的顶峰。王阳明死后，其后学便发生分化。王良发展为泰州学派，李贫则走向异端。明王朝覆亡以后，作为时代思潮的阳明心学也随之终结。
从儒学发展史上看，宋明理学是儒学发展的最高形态，它以儒家思想为本体，吸取佛、道两教思想养料以丰富儒学理论，其理论的深度、体系的严密和思辨的精致均超过前代儒学。不过，由于理学成为中国后期封建社会的官方意识形态，统治者对其道德说教进行片面利用，致使伦理异化，成为维护封建专制主义、扼杀人之本性的武器，使之走向僵化，因此必然受到历史的批判。
