朱熹创立了庞大繁杂的理学理论体系，但这种理学过度压抑束缚个体主观能动性的情况在后来得到了强有力的挑战，其中最著名的是两派，
一派是陆九渊、王阳明为主的“陆王心学”（即阳明学），在朱熹那儿，“心”与“理”是分开的，个体的“心”只能服从于最高存在“理”，从而个体的自由性和思想性遭到抹杀。
王阳明则强调“心外无理”、“心即此理”，认为“心”和“理”不是分裂的二元化存在，而是一元化的同一存在，这样一来，个体强大的主观能动性就被突出出来，个体的人所能显现的智慧得到了淋漓尽致的发挥。
王阳明的学说也就是“致良知”的学说，将朱熹的“格物而后致知”——发展为了“知行合一”，这使得“理学”道德与行为之间模糊不清的关系更加趋于明朗，道德智慧是行为的指南，而行动是道德智慧具体的体现，两者密切结合为一体。
阳明学是有一种中国化的人文主义倾向的，这种思潮在明朝迅速抬头，为大批具有强烈个性的人才的出现提供了思想源头。
另一派是以王夫之为代表的以“理势合一”的经世致用思潮。“势”也就是人类历史的规律性和必然性，这种东西同“心”一样在朱熹的哲学中是服从于最高本体存在“理”的第二性的东西。“势”在王夫之那儿其内涵拓展到了与“理”同等重要的位置，“势相激而理随以易”，“理”与“势”不再是分离的二元化从属的关系，而是相因相随互为表里的同一种东西，这样一来，抽象模糊不清的本体“理”就融入了被空前放大的历史真实性，“理”更加清晰，具体地成为活泼流动的真实性的本体，王夫之的最大功绩，是使“理”这种充满伦理道德色彩高高在上的空泛抽象本体转化为了生生不息流动不止的充满客观真实内容的历史本体。“理势合一”的思潮对近代中国以务实经世为特征的区域文化群落有着至关重要的巨大的影响，甚至可以说是后来湖南群体奋发精神的直接思想来源。
不论是“心理合一”的阳明学还是“理势合一”的经世致用思潮，都不是对朱熹理学的反叛，而是灵动适时的改革调整。阳明学促使人更加睿智返回自由的内心世界去体悟生命与外部世界合二为一的本真道理，而经世致用思潮则更加促使人们务实积极人世，以使个体的生命融入历史中通过担负人类的责任在实践中体悟真实的“理”。以阳明学为指导思想的人往往容易成为颇具个性的思想者，以经世致用思潮为指导思想的人则往往会成为“铁肩担道义”的实干家。
